因为大教堂在1642年英国内战期间遭受了破坏，当时奥利弗·克伦威尔的士兵在整个建筑物内横冲直撞，打破了彩色玻璃窗。在后来的修复工作中，艺术家们采用随机拼接的方式，将图案拼凑在一起，形成马赛克瓷砖一样的视觉效果。

教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。
这种神秘体验的就是那些细而长，嵌满彩色玻璃，幽暗而神秘的哥特式彩色玻璃花窗——哥特式建筑的显著装饰特色之一。而米兰大教堂的玻璃窗可能是全世界最大的，高约20米，共有24扇，主要以耶稣故事作为主题，正中的太阳光彩图案寓意正义和仁爱，这些彩色玻璃没有在长达500多年前的风风雨雨中损毁，至今仍光彩夺目
苏格认为狄奥尼修斯实际上是圣但尼的守护神，因此他将神圣之光的概念融入他的建筑计划中，并围绕着彩色玻璃窗设计了新的大教堂，圣丹尼斯修道院教堂成为这种新型建筑的原型，除了被认为是神圣的光之外，彩绘玻璃和哥特式雕塑一起被称为“穷人圣经”的一部分，因为彩绘玻璃的另一个目的是向文盲传授圣经故事
英国哥特式教堂的高耸立面与玻璃设计相结合，风格独特而鲜明。而玫瑰窗从相对简单的窗户发展而来，圆形的窗户嵌入彩色玻璃绘画，透光形式绚丽。彩绘玻璃花窗作为教堂采用的一种重要的布道方式，通过人物形象的描绘，向广大识字率低的民众传达《圣经》故事以及历史传奇。
到中世纪，欧洲各地无数天主教教堂中都可以发现彩色玻璃窗。但是，直到12世纪，这些窗户还是相对简单，规模较小，并用厚铁框架勾勒出轮廓。这是因为罗马式建筑（一种以厚壁和圆形形式为特征的风格）主导着建筑品味。