由于没有直射光进入建筑物，所有光线都经过彩色玻璃过滤，让整个大教堂处于一种绝对的静穆中，安静而从容不迫，更加具有中世纪信仰的神圣性。

罗源滨海堂的圣殿由1412平方米的双层玻璃幕墙围合而成，并有着107,707块的彩色玻璃。该设计希望唤醒人们对传统的教堂彩窗的记忆，然而局限的预算下，彩色玻璃需要达到最大程度的标准化来实现造价的控制。因此，建筑师选用了10乘10厘米的正方形彩色玻璃作为基础，色调从深蓝色渐变到淡黄色直至亮白色等共21种，其中局部视觉需强调的区域选用了4乘4厘米的白色磨砂玻璃。
这些彩色玻璃花窗是世界上保存最完整、最典型的中世纪彩色玻璃杰作。围绕着圣经故事，这些花窗描绘出近五千个拜占庭风格的人物，它使整个大教堂成为“一座彩色玻璃博物馆”。